Hubert Berke stammte aus einem katholisch geprägten Elternhaus. Er wurde im Kapuzinerkloster zu Bocholt (Münsterland) und in einer Missionsschule in Bensheim/Odenwald erzogen. Er bekam hier eine gründliche humanistische Bildung und wurde auf ein künftiges Leben als Missionar in China vorbereitet. Der frühe Kontakt mit der ostasiatischen Kunst und Philosophie und das Kennenlernen fremder Kulturen sollte sein späteres Werk beeinflussen.

Nach dem Abitur entschloss er sich jedoch zu einem Studium der Philosophie, kath. Theologie und der alten Sprachen an der Universität Münster.

Die Vorlesungen des damals sehr bekannten christlichen Existenzphilosophen Peter Wust (1884-1940) haben bei ihm große Eindrücke hinterlassen.

Über Königsberg (Ostpreußen), wo er bei Wilhelm Worringer (1881-1965), einem der geistigen Wegbereiter des Expressionismus, und dem Maler Fritz Burmann (1892-1945) die Studien in Kunstgeschichte und Malerei fortsetzte, gelangte er schließlich 1932 als einer der letzten Schüler von Paul Klee (1879-1940) an die Kunstakademie Düsseldorf. Als dieser 1933 von den Nationalsozialisten abgesetzt wurde und in die Schweiz zurückkehren musste, verließ Berke ebenfalls die Akademie, setzte 1934 kurzzeitig seine Studien am Niederrhein bei dem Expressionisten Heinrich Nauen (1880-1941) fort, bevor er sich schließlich in Köln niederließ und hauptsächlich von Aufträgen als Werbe- und Buchillustrator lebte.

Daneben schuf ein eigenständiges künstlerischen Werk, u.a. viele Arbeiten auf Papier, bei denen er die bei Paul Klee gelernte Technik der Monotypie verfeinerte und wie sein Lehrer zwischen Abstraktion und Gegenständlichkeit zu changieren wusste.

Seit 1937 war mit der Textilkünstlerin Brunhilde Hoppe (1913-2006) verheiratet, mit der er drei Kinder hatte, darunter Eva Ohlow (* 1940), die als Künstlerin in Köln tätig ist.